Sieprawska parafia należy do najstarszych ośrodków duszpasterskich w archidiecezji krakowskiej.
Wymieniana w aktach kamery apostolskiej z lat 1325-1327, istniała najprawdopodobniej już w XIII stuleciu.
Początek kościołowi parafialnemu mogła dać początek kaplica dworska lub kapliczka przydrożna, stojąca w pobliżu placu targowego. Domysł ten nosi znamiona prawdopodobieństwa, ponieważ badania wykazały, iż pierwotny kościół parafialny stał tuż przy przechodzącym przez wioskę trakcie węgierskim.
Pierwszy kościół w Sieprawiu nosił wezwanie św. Marcina. Z początków jego istnienia zachowało się kilka imion proboszczów parafii: w latach 1325-27 był to ks. Miłosław, w roku 1440 ks. Bartłomiej, zaś w roku 1474 ks. Berard. Prawo patronatu nad kościołem mieli kolejni dziedzice Sieprawia. Liber beneficiorum Jana Długosza, pochodzące z 1440 roku, określa parafię jako dobrze zorganizowaną placówkę duszpasterską, posiadającą kościół, duszpasterza oraz wydzielony teren. Do parafii należały wtedy: Siepraw, Krzyszkowice, Olszowice, Zawada, Kawęciny i Łyczanka. Taki stan utrzymał się aż do końca XIX wieku. Początkowo parafia należała do dekanatu dobczyckiego alias szczyrzyckiego - była więc własnością opactwa cysterskiego - następnie wielickiego, myślenickiego, by w roku 1992 stać się częścią dekanatu Mogilany.